В январе 1898 года жители Шевалдовской волости ходатайствовали перед Кинешемской уездной управой об открытии в селе Шилекша начального народного училища на средства земства. Своё ходатайство они мотивировали тем, что в их волости, при населении 4 476 ревизских душ и при разбросанности селений на дальнее расстояние, имеется лишь одна земская школа в Шевалдове.
Приговор крестьян гласил: "Постройка училища в Шилекше является необходимой, так как дети крестьян 15-ти селений, окружающих Шилекшу, не имеют возможности обучаться в школе, большинство из них остаётся неграмотными". Землю под постройку училища предоставил "безвозмездно" крестьянин деревни Олешево Иван Дмитриевич Худяков.
В 1899 году земская управа выделила на строительство и содержание училища 2 450 рублей. В 1900 году в селе открылось смешанное одноклассное училище.
Жители села Шилекша считают датой появления школы 1989 год, т.к. пока строилось здание школы, детей обучали на дому учителя.
Первый заведующий Шилекшинской школы – Иовлев Николай Федорович, уроженец с. Шилекша. Николай Федорович родился в бедной крестьянской семье. Как и многие в нашей стране принял революционные преобразования, являлся видным политическим работником, в 1918 г организовал в с. Шилекша комсомольскую ячейку и ячейку РКП (б), был ее секретарем. 30 ноября 1922 года был зверски убит.
В 1968 году было построено новое здание школы. Общая площадь всех помещений школы - 903 м2.
Сначала это была средняя школа, но в 2012 году она стала девятилетней.
Директорами школы в разное время были: